Deux ans seulement après l'acquisition du Palazzo Grassi, François Pinault élargit son projet culturel à Venise à travers la restauration du complexe historique de la Punta della Dogana.

Les entrepôts de la Dogana da Mar, un espace commercial achevé dans sa forme actuelle en 1682, ont été repensés par l'architecte Giuseppe Benoni sur la base du complexe architectural préexistant du XVe siècle, créé pour déplacer le siège opérationnel des douanes de l'Arsenale. La Punta della Dogana est située dans un point stratégique de Venise : à l'entrée du Grand Canal, près de la basilique Santa Maria della Salute de Baldassarre Longhena, d'où peuvent être admirer à la fois San Marco et l'île de San Giorgio Maggiore.

Le complexe monumental de la Punta della Dogana a un plan triangulaire qui est resté inchangé au fil du temps. En haut de la tour se trouve un groupe sculptural représentant deux Atlantes soutenant un globe terrestre en bronze doré, au sommet duquel se dresse la statue de Fortuna qui indique la direction dans laquelle souffle le vent. À la fin des années 1980, les espaces tombent dans un état de délabrement jusqu'en 2007, date à laquelle un appel d'offres a été lancé par la municipalité de Venise pour la protection et la récupération de ce monument emblématique de la ville. François Pinault participe avec un projet de redéveloppement signé par Tadao Ando et parvient à s'octroyer le chantier de la Punta della Dogana. En un peu plus d'un an, l'architecte japonais mène une campagne de restauration basée sur l'idée de maintenir un équilibre entre l'histoire et l'innovation technologique. Il met en lumière les murs de briques et le poutres d'origine, il travaille sur les fondations pour mettre le bâtiment à l'abri de l'humidité et des marées hautes et le transforme en un espace au caractère à la fois spectaculaire et discret. 

A l'intérieur, Tadao Ando travaille sur les éléments qui avaient été modifiés au fil du temps : il élimine les ajouts modernes, juxtapose des matériaux et des formes contemporains, tels que les murs en béton apparents. Il crée également un cube en béton armé, placé dans l'espace central à double hauteur, donnant au béton la dignité d'un matériau noble. Cet espace singulier constitue une parenthèse géométrique qui traverse verticalement le cœur du plan triangulaire de la Punta della Dogana. Cette boîte en béton présente la combinaison d'un pavage extérieur vénitien traditionnel, en masegni, et des murs en béton armé, lisses et soyeux au toucher.

A l'extérieur, la restauration maintient le style fonctionnel de la Dogana da Mar originale, dépourvue de décorations superflues. Tadao Ando n'intervient que sur les ouvertures, dans lesquelles il insère la citation d'un architecte particulièrement important pour la Venise contemporaine : les grilles en acier qui composent les ouvertures extérieures font en effet référence à la porte de la boutique Olivetti des Procuratie Vecchie donnant sur la Piazza San Marco, conçue par Carlo Scarpa.

La restauration par l'architecte japonais, achevée en 2009, permet une "promenade à travers l'art": une expérience au cœur de l'art, de l'architecture et de la ville de Venise, que l'on admire à travers les fenêtre en demie lune. La Punta della Dogana, un lieu né avec une fonction exclusivement commerciale, se reconvertit en libérant au maximum ses salles afin d'offrir des espaces en mesure d'accueillir les œuvres les plus monumentales de la Collection Pinault.

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